曹晨，教授，博士生导师
行政职务：院长助理、生物医学电磁精准诊疗省高校重点实验室副主任
科学研究方向：人工智能、生物信息、AI for Medicine
邮箱：caochen@njmu.edu.cn
个人简介：医学学士，工学博士（计算机科学与技术），医工交叉背景，专注于“BT+IT”融合交叉创新，入选江苏省333高层次人才，江苏省优秀指导教师（2024、2025）。主要研究方向为人工智能和生物信息计算。近五年以第一作者或通讯作者在生物信息学领域重要期刊上发表了40余篇学术论文，包括Genome Medicine, Molecular Biology and Evolution、Nucleic Acids Research (7)、Advanced Science、PLoS Genetics、Bioinformatics (2)、Briefings in Bioinformatics (4)、Genetics、IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics (4) 等。主持国家自然科学基金面上项目和青年项目，并作为合作单位负责人主持国家自然科学基金重点项目子课题（划拨经费60万）。此外，作为项目骨干参与顾宁教授牵头江苏省前沿引领技术基础研究重大项目（划拨经费150万），担任PLoS Computational Biology, BMC Bioinformatics等生物信息重要SCI杂志学术编辑。指导博士研究生获中国科协首届青年人才托举工程博士生专项计划。
学术兼职：
PLoS Computational Biology 客座编辑
BMC Bioinformatics 学术编辑
Biochemical Genetics 学术编辑
江苏省生物信息学会理事
江苏省生物信息学会青年工作委员会主任
江苏省智能医学工程学会理事
中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员
中国生物工程学会计算与生物信息专委会委员
中国计算机学会生物信息专委会通讯委员
中国生物信息学会（筹）生物信息算法研究专业委员会委员
中国生物信息学会（筹）系统生物学专业委员会委员
江苏省人工智能学会智能传感器与芯片专委会委员
江苏省生物医学工程学会生物信息专委会委员
指导大学生竞赛（国家级和省部级）：
2025年 中国大学生计算机设计大赛 江苏省特等奖（指导教师排名：1/2，类别：软件应用与开发）
2025年 中国大学生计算机设计大赛 江苏省一等奖（指导教师排名：1/2，类别：人工智能应用）
2025年 中国大学生计算机设计大赛 国家级二等奖（指导教师排名：1/2，类别：软件应用与开发）
2025年 中国大学生计算机设计大赛 国家级二等奖（指导教师排名：1/2，类别：人工智能应用）
2025年 全国大学生区块链+应用大赛 国家级一等奖（指导教师排名：1/2）
2025年 蓝桥杯C/C++程序设计大赛全国三等奖（指导教师排名：1/1）
2025年 蓝桥杯C/C++程序设计大赛全国二等奖（指导教师排名：1/1）
2025年 蓝桥杯C/C++程序设计大赛江苏省一等奖（指导教师排名：1/1）
2025年 蓝桥杯C/C++程序设计大赛江苏省一等奖（指导教师排名：1/1）
2025年 江苏省优秀指导教师
2025年 江苏省级创新创业训练计划项目指导教师（指导教师排名：1/2）
2024年 中国大学生计算机设计大赛 江苏省特等奖（指导教师排名：1/2，类别：人工智能应用）
2024年 中国大学生计算机设计大赛 国家级二等奖（指导教师排名：1/2，类别：人工智能应用）
2024年 江苏省优秀指导教师
指导研究生获奖：
2025年 邵梦婷：中国科协青年人才托举工程博士生专项计划（国家级）
2025年 邵梦婷：优秀博士研究生拔尖创新计划（全校择优遴选4名）
2025年 邵梦婷：南京医科大学博士研究生学术之星（全校择优遴选10名）
2025年 田敏：南京医科大学硕士研究生学术之星（全校择优遴选10名）
2024年 陈开阳：苏州工业园区奖学金（联合培养）
2024年 邵梦婷：研究生国家奖学金
2024年 田敏：研究生国家奖学金
2024年 刘畅：江苏省大学生生物医学工程创新设计竞赛江苏省一等奖（研究生）
2024年 朱昌会：江苏省大学生生物医学工程创新设计竞赛江苏省三等奖（研究生）
承担科研课题：（省部级以上）
国家自然科学基金面上基金项目，62471240，基于调控关系的全转录组关联分析算法研究， 2025.01-2028.12，49万，在研，主持
国家自然科学基金青年基金项目，62102068，从宏基因组重建细菌全基因组单倍型， 2022.01-2024.12，30万，在研，主持
国家自然科学基金重点项目，62231013，面向环状RNA的深度挖掘分析与功能研究，2023.01-2027.12, 274万，在研，合作单位子课题主持（划拨经费60万）
江苏省前沿引领技术基础研究重大项目, BK20222002, 血管多模态医学影像信息采集与融合技术的研究，2022.09-2027.08, 2000万，在研，参与（研究骨干，划拨经费150万）
近五年代表性论文（*通讯作者）：
[1] Yang S*, Ye X, Ji X, Li Z, Tian M, Huang P*, & Cao C*. (2025). PGSFusion streamlines polygenic score construction and epidemiological applications in biobank-scale cohorts. Genome Medicine, 17(1), 77 (IF2025=11.2).
[2] Jiang T, Shao M, Wang J, Wu P, Zhu C, Tang R*, Cao C*, Gu N*. GENEasso: a curated resource of credible disease–gene associations across complex diseases from GWAS summary statistics[J]. Nucleic Acids Research, 2026: gkaf1097. (IF2025=13.1).
[3] Wang F Q, Zhang C, Zhang H, Dang X, Sun Y, Bu S, Wang X*, Yang W, Cao C*. DisCP-Atlas: a comprehensive resource mapping cellular processes to complex diseases[J]. Nucleic Acids Research, 2026: gkaf1129. (IF2025=13.1).
[4] Shao M, Tian M, Chen K, Jiang H, Zhang S, Li Z, Shen Y, Chen F, Shen B, Cao C*, Gu N*. Leveraging Random Effects in Cistrome‐Wide Association Studies for Decoding the Genetic Determinants of Prostate Cancer. Advanced Science. 2024 Sep 1:2400815 (IF2024=14.3).
[5] Cao C, Zhang S, Wang J, Tian M., Ji X., Huang D, Yang S, Gu, N. (2023). PGS-Depot: a comprehensive resource for polygenic scores constructed by summary statistics based methods. Nucleic Acids Research, 2023, gkad1029. (IF2023 =14.9)
[6] Shao M, Chen K, Zhang S, Tian Min, Shen Y, Cao C*, Gu N*. Multiome-wide Association Studies: Novel Approaches for Understanding Diseases[J]. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2024, 22(5): qzae077. (IF2024=11.5)
[7] Cao C, He J, Mak L, Perera D, Kwok D, Wang J, Li M, Mourier T, Gavriliuc S, Greenberg M, Morrissy S, Sycuro L, Yang G, Jeffares D, Long Q*. Reconstruction of microbial haplotypes by integration of statistical and physical linkage in scaffolding, Molecular Biology and Evolution. 2021. DOI: 10.1093/molbev/msab037. (IF2021=16.2)
[8] Cao C*, Tian M, Li Z, Zhu W, Huang P*, Yang S*. GWAShug: a comprehensive platform for decoding the shared genetic basis between complex traits based on summary statistics[J]. Nucleic Acids Research, 2024: gkae873. (IF2024=16.1)
[9] Cao C*, Shao M, Wang J, Li Z, Chen H, You T, Li J, Ding Y*, Zou Q*. webTWAS 2.0: update platform for identifying complex disease susceptibility genes through transcriptome-wide association study[J]. Nucleic Acids Research, 2024: gkae1022. (IF2024=16.1)
[10] Cao C*, Shao M, Zuo C, Kwok D, Liu L, Ge Y, ... & Zou Q*. (2023). RAVAR: a curated repository for rare variant–trait associations. Nucleic Acids Research, gkad876. (IF2023 =14.9)
[11] Cao C, Wang J, Devin K, Cui F, Zhang Z, Zhao D, Li J, Zou Q*. webTWAS: a resource for disease candidate susceptibility genes identified by transcriptome-wide association study. Nucleic Acids Research, 2021. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab957 (IF2022 =19.2，ESI高被引，他引超390次)
[12] Cao C, Ding B, Li Q, Kwok D, Wu J*, Long Q*. Power analysis of transcriptome-wide association study: Implications for practical protocol choice. PLoS Genetics. 2021. DOI: 10.1371/journal.pgen.1009405. (IF2021=5.9, 自然指数期刊)
[13] Cao C, Devin D, Li Q, ... & Long Q. Disentangling genetic feature selection and aggregation in transcriptome-wide association studies. 2022. Genetics (IF2022= 4.4)
[14] Cao C, Mak L, Jin G, Gordon P, Ye K, Long Q, PRESM: personalized reference editor for somatic mutation discovery in cancer genomics. Bioinformatics. 2019. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty812. (IF2019 =5.5)
[15] Cao C, Greenberg M, Long Q. WgLink: reconstructing whole-genome viral haplotypes using L0+ L1-regularization. Bioinformatics. 2021 Sep 1;37(17):2744-6. (IF2021 =6.9)
[16] Cao C, Kwok D, Edie S, Li Q, Ding B, Kossinna P, Campbell S, Wu J, Greenberg M, Long Q. kTWAS: integrating kernel machine with transcriptome-wide association studies improves statistical power and reveals novel genes. Briefings in Bioinformatics. 2021. DOI: 10.1093/bib/bbaa270. (IF2021 =11.1)
[17] Wu X, Wei X, ... & Cao C*, Xu X*, Shang H*. Botanical Drugs: A New Strategy for Structure-based Prediction of Ligand–Protein Interactions. Briefings in Bioinformatics. 2022. DOI: 10.1093/bib/bbab425. (IF2022=14.0)
[18] Wang G, Lou X, Guo F, Kowk D, Cao C*. EHR-HGCN: An Enhanced Hybrid Approach for Text Classification Using Heterogeneous Graph Convolutional Networks in Electronic Health Records[J]. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2023. (IF2023=7.7)
[19] Wang G, Li S, Liu K, Hu X, & Cao C*. (2025). Medical Graph Diffusion: Hybrid Graph Diffusion with Heterogeneous Graph Convolutional Networks for Medical Text Classification. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. (IF2025=6.8)
[20] Wang G, Chen H, Wang H, Gao H, Hu X, & Cao C*. (2025). MMDDI-SSE: A Novel Multi-Modal Feature Fusion Model With Static Subgraph Embedding for Drug-Drug Interaction Event Prediction. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. (IF2025=6.8)
[21] Wang G, Zhang H, Shao M, Sun S, & Cao C*. (2025). MMPD-DTA: Integrating Multi-Modal Deep Learning with Pocket-Drug Graphs for Drug-Target Binding Affinity Prediction. Journal of Chemical Information and Modeling, 65 (3), 1615-1630. (IF2024=5.3)
[22] Wang G, Feng H, Du M, Feng Y, Cao C*. Multimodal Representation Learning via Graph Isomorphism Network for Toxicity Multitask Learning[J]. Journal of Chemical Information and Modeling, 2024, 64(21): 8322-8338. (IF2024=5.6)
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[23] Wang Y, Wang L, Sheng N, Hong J, Liu Y, Wu P, Wang X, Zhang S, Cao C*. ASTWAS: modeling alternative polyadenylation and SNP effects in kernel-driven TWAS reveal novel genetic associations for complex traits. Briefings in Bioinformatics. 2026 Jan 7;27(1):bbaf725. doi: 10.1093/bib/bbaf725. (IF2026=7.7)