曹晨，教授，博士生导师
行政职务：院长助理
科学研究方向：生物信息和计算生物学
个人简介：医学学士和硕士，工学博士（计算机科学与技术），医工交叉背景，专注于“BT+IT”融合交叉创新。主要研究方向为生物信息学（计算生物学）和影像组学，研究兴趣在于利用计算机人工智能算法和统计方法开发生物信息学与影像组学的研究工具和方法，并通过自研的工具探索疾病机制。近五年以第一作者及通讯作者在生物信息学领域的重要期刊上发表了20余篇学术论文，包括Molecular Biology and Evolution、Nucleic Acids Research (4)、Advanced Science、PLoS Genetics、Bioinformatics (2)、Briefings in Bioinformatics (2)以及 IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics等。主持国家自然科学基金面上项目和青年项目，并作为合作单位负责人主持国家自然科学基金重点项目子课题（划拨经费60万）。此外，作为项目骨干参与江苏省前沿引领技术基础研究重大项目（划拨经费150万）。
教育背景及工作经历：
2006.9–2010.6 吉林大学，药学专业，医学学士
2010.7–2011.5 上海药明康德新药开发有限公司，药物合成助理研究员
2011.9–2013.6 吉林大学，药物化学专业，硕士（跨计算机专业转硕博连续）
2013.9–2016.6 吉林大学，计算机科学与技术（生物信息学）专业，工学博士
2017.2–2021.1 加拿大卡尔加里大学Cumming医学院，博士后
2021.2–2021.12 电子科技大学长三角研究院，特聘副研究员
学术兼职：
中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员
中国计算机学会生物信息学专业委员会通讯委员
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国生物信息学会(筹)生物信息算法研究专业委员会委员
中国生物信息学会(筹)系统生物学专业委员会委员
江苏省人工智能学会智能传感器与芯片专委会委员
江苏省生物医学工程学会生物信息专委会委员
主要教学竞赛获奖（国家级和省部级）：
2024年 中国大学生计算机设计大赛 江苏省特等奖（指导教师排名：1/2）
2024年 中国大学生计算机设计大赛 国家级二等奖（指导教师排名：1/2）
2024年 江苏省优秀指导教师
2024年 江苏省大学生生物医学工程创新设计竞赛 江苏省三等奖（指导教师排名：1/1）
承担科研课题：（省部级以上）
国家自然科学基金面上基金项目，62471240，基于调控关系的全转录组关联分析算法研究， 2025.01-2028.12，49万，在研，主持
国家自然科学基金青年基金项目，62102068，从宏基因组重建细菌全基因组单倍型， 2022.01-2024.12，30万，在研，主持
国家自然科学基金重点项目，62231013，面向环状RNA的深度挖掘分析与功能研究，2023.01-2027.12, 274万，在研，合作单位子课题主持（划拨经费60万）
江苏省前沿引领技术基础研究重大项目, BK20222002, 血管多模态医学影像信息采集与融合技术的研究，2022.09-2027.08, 2000万，在研，参与（研究骨干，划拨经费150万）
近五年代表性论文（*通讯作者）：
[1] Shao M, Tian M, Chen K, Jiang H, Zhang S, Li Z, Shen Y, Chen F, Shen B, Cao C*, Gu N*. Leveraging Random Effects in Cistrome‐Wide Association Studies for Decoding the Genetic Determinants of Prostate Cancer. Advanced Science (IF=14.3). 2024 Sep 1:2400815.
[2] Cao C, Zhang S, Wang J, Tian M, Ji X, Huang D, Yang S*, Gu N. PGS-Depot: a comprehensive resource for polygenic scores constructed by summary statistics based methods. Nucleic Acids Research (IF=16.1). 2024 Jan 5;52(D1): D963-71.
[3] Cao C*, Shao M, Zuo C, Kwok D, Liu L, Ge Y, Zhang Z, Cui F, Chen M, Fan R, Ding Y, Jiang H, Wang G*, Zou Q*. RAVAR: a curated repository for rare variant–trait associations. Nucleic Acids Research (IF=16.1). 2024 Jan 5;52(D1): D990-7.
[4] Wang G, Lou X, Guo F, Kwok D, Cao C*. EHR-HGCN: An Enhanced Hybrid Approach for Text Classification Using Heterogeneous Graph Convolutional Networks in Electronic Health Records. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2023 Dec 22.
[5] Cao C, Wang J, Kwok D, Cui F, Zhang Z, Zhao D, Li MJ, Zou Q*. webTWAS: a resource for disease candidate susceptibility genes identified by transcriptome-wide association study. Nucleic acids research (IF=16.1). 2022 Jan 7;50(D1):D1123-30.
[6] Cao C, Greenberg M, Long Q*. WgLink: reconstructing whole-genome viral haplotypes using L0 L1 regularization. Bioinformatics (生物信息权威期刊). 2021 Sep 1;37(17):2744-6.
[7] Cao C, Kwok D, Edie S, Li Q, Ding B, Kossinna P, Campbell S, Wu J, Greenberg M, Long Q*. kTWAS: integrating kernel machine with transcriptome-wide association studies improves statistical power and reveals novel genes. Briefings in bioinformatics. 2021 Jul;22(4):bbaa270.
[8] Cao C, He J, Mak L, Perera D, Kwok D, Wang J, Li M, Mourier T, Gavriliuc S, Greenberg M, Morrissy AS, Sycuro LK, Yang G, Jeffares DC, Long Q*. Reconstruction of microbial haplotypes by integration of statistical and physical linkage in scaffolding. Molecular biology and evolution (IF=11.0). 2021 Jun 1;38(6):2660-72.
[9] Cao C, Ding B, Li Q, Kwok D, Wu J*, Long Q*. Power analysis of transcriptome-wide association study: Implications for practical protocol choice. PLoS genetics (自然指数期刊). 2021 Feb 26;17(2):e1009405.
[10] Cao C, Mak L, Jin G, Gordon P, Ye K, Long Q*. PRESM: personalized reference editor for somatic mutation discovery in cancer genomics. Bioinformatics (生物信息权威期刊). 2019 May 1;35(9):1445-52.