曹晨

发布者:工信院发布时间:2022-09-26浏览次数:3364



曹晨,校聘教授,博士生导师

科学研究方向:生物信息、医学人工智能、医学大数据

邮箱:caochen@njmu.edu.cn



个人简介:主要从事研究方向是生物信息(计算生物)、医学人工智能、医学大数据,利用计算机算法/统计方法开发生物信息、医学信息软件,以第一作者、通讯作者在生物信息重要期刊MBEPLoS GeneticsNAR, Genetics, Bioinformatics, BIB等发表多篇学术论文。

 


教育背景及工作经历:

2006.92010.6    吉林大学,药学专业,学士

2011.92013.6    吉林大学,药物化学专业,硕士(跨计算机专业转硕博连续)

2013.92016.6    吉林大学,计算机科学与技术(生物信息学)专业,博士

2017.22021.1    加拿大卡尔加里大学,博士后

2021.22021.12    电子科技大学长三角研究院,特聘副研究员

 

学术兼职:

中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员

江苏省人工智能学会智能传感器与芯片专委会委员

江苏省生物医学工程学会生物信息专委会委员

 

承担科研课题:(省部级以上)

国家自然科学基金青年基金项目,62102068,从宏基因组重建细菌全基因组单倍型, 2022.01-2024.1230万,在研,主持

国家自然科学基金重点项目,62231013,面向环状RNA的深度挖掘分析与功能研究,2023.01-2027.12, 274万,在研,主要参与(南医大排名第一,分配经费60万)

 

近五年代表性论文:

[1] Cao C, He J, Mak L, Perera D, Kwok D, Wang J, Li M, Mourier T, Gavriliuc S, Greenberg M, Morrissy S, Sycuro L, Yang G, Jeffares D, Long Q. Reconstruction of microbial haplotypes by integration of statistical and physical linkage in scaffolding, Molecular Biology and Evolution. 2021. DOI: 10.1093/molbev/msab037.

 

[2] Cao C, Ding B, Li Q, Kwok D, Wu J, Long Q. Power analysis of transcriptome-wide association study: Implications for practical protocol choice. PLoS Genetics. 2021. DOI: 10.1371/journal.pgen.1009405.

 

[3] Cao C, Wang J, Devin K, Cui F, Zhang Z, Zhao D, Li J, Zou Q. webTWAS: a resource for disease candidate susceptibility genes identified by transcriptome-wide association study. Nucleic Acids Research. 2022. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab957

 

[4] Cao C, Greenberg M, Long Q. WgLink: reconstructing whole-genome viral haplotypes using L0 +L1-regularization. Bioinformatics. 2021. DOI: 10.1093/bioinformatics/btab076.

 

[5] Cao C, Kwok D, Edie S, Li Q, Ding B, Kossinna P, Campbell S, Wu J, Greenberg M, Long Q. kTWAS: integrating kernel machine with transcriptome-wide association studies improves statistical power and reveals novel genes. Briefings in Bioinformatics. 2021. DOI: 10.1093/bib/bbaa270.